【アンプラット】ANCAT解析無料体験講座
セミナー説明
本セミナーは、アンプラット社が開発したデータ解析技術共有プラットフォーム「ANCAT」を実際に体験していただくセミナーです！
ご参加いただいた皆さまがお持ちのゲノムデータを現在ANCATに登録されている多くの解析手法の中からお選びいただき、実際に解析することが可能です。実際に出力された解析結果についての解説も行います。
データ解析技術共有プラットフォーム「ANCAT」の詳細はこちら
詳細情報
【詳細URL】詳細はこちら
【開催日時】2024年12月18日（水）17:00～19:00
【会場】現地開催 （横浜ランドマークタワー7階）
※当セミナーはオフラインのみの開催ですが、後日ANCATにてアーカイブ配信を予定しております。
【参加費】無料
【参加登録】要（人数無制限）
お申し込みはこちら
【持ち物】解析したい「サンプルデータ」を入れたノートPC
※サンプルデータのご用意がない場合は、テストデータをご用意することも可能です。
ご希望の場合は、お申し込み時に届くメールへ返信する形でその旨をご連絡ください。
※データはネットワークの関係上、上限5GBまででお願いいたします。
※解析にはネットワーク接続が必要です。会場ではゲストWi-Fiがご利用可能です。
※当日行う解析は以下、体験可能な解析手法からお選びください。
体験可能な解析手法
| 解析手法 | 詳細 | 参考価格 |
| Draw phylogenetic tree using iqtree2 | phylipやmulti-fastaなどからiqtree2を用いて系統樹を作成するツール | 550円〜 |
| Reseq for T2T-CHM13v2.0 | ヒトのT2Tのゲノム（T2T-CHM13v2.0）を用いて変異解析および 変異へのアノテーションを行うツール | 5,500円〜 |
| Resequence | リファレンスゲノムを入力して変異解析を行うツール | 5,500円〜 |
| MutMap | 突然変異形質の原因遺伝子を調べる手法 | 5,500円〜 |
| VUS Annotator | F-Oneレポートに付随するVUSを記載したXMLに対して データベースを用いたアノテーションを行うツール | 0円 - Open Analysisで公開中 |
| MIG-Seq | 簡易的なGWASおよび系統解析を行うためのツール | 5,500円〜 |
| Draw Manhattan and QQ plot from GWAS results | PLINKのped, mapからQQ-plotを作成するツール | 550円〜 |
| BAM to FASTQ converter | BAMの元となったfastqを生成するツール | 1,100円〜 |
| Coverage calculator | AMの指定した領域でのCoverageを計算するツール | 550円〜 |
| Treemix | 系統樹描画を行うツール | 550円〜 |
| SNPWorkFlow | Plant GARDENにあるゲノムを用いた変異解析を行うツール | 5,500円〜 |
| PCA | 主成分分析を行うツール | 0円 - Open Analysisで公開中 |
| T and U test | T test / U testを行うツール | 110円〜 |
| RNA-seq | RNAの発現量解析を行うツール | 5,500円〜 |
| SARS-Cov-2 Blast | SARS-Cov-2のデータベースに対してfastaをblastするツール | 1,100円〜 |
| SARS-Cov-2-Classifier | S遺伝子上の変異から登録済みのSARS-Cov-2に分類を行うツール | 1,100円〜 |
| calculate chi-square value and P-value | multi-sample VCFから各変異のHardy-Weinberg平衡の chi-square, p-valueを計算するツール | 550円〜 |
| network visualization with pyvis | 相関行列を計算してネットワークとヒートマップを描画する ツール | 550円〜 |
| Structural Variant caller | UCSCのhg38ゲノムにマップされたbamから構造変異を コールするツール | 5,500円〜 |
| Fastq Simulator | fastaおよびvcfから作成したコンセンサスfastaを用いてfastqを生成するツール | 1,100円〜 |
| Flare VCF Formatter | FlareによるアノテーションがあるVCFから、不確かな 祖先由来の遺伝子型をマスクするツール | 550円〜 |
| Variant Reflector | VCFファイル中の変異を反映したゲノムのcomplementary DNAのfasta及び、塩基ならびにアミノ酸の変異を記載したTSVを出力するツール | 550円〜 |
| Protein pocket detection by fpocket | fpocketを利用した非常に高速なタンパク質ポケット 検出 | 5,500円〜 |
| NyanSeq | 猫の変異解析を行うツール | 5,500円〜 |
| JonckheereTerpstra test | JonckheereTerpstra検定を実行するツール | 110円〜 |
| Radar Drawer from grib2 | 気象業務支援センターなどが配布している、レーダーによる雨量・積雪などの予報データについて、GMTを用いて予報雨量や積雪量などの2d contourを作成する | 0円 - Open Analysisで公開中 |
| Merge MS Matrix | MSの出力TSVに対して[Protein.Group・Protein.Ids・Protein.Names]の中から指定された列と同じ列を持つ行を各idのカウントについてマージするツール | 110円〜 |
| extract-samples-from-vcf | Multi-sample VCFから任意のサンプルを抽出するツール | 550円〜 |
| tSNE | 多次元量の入力データから高次元のデータを圧縮して図示するツール | 0円 - Open Analysisで公開中 |
| Merge gVCF | gVCFやVCFを結合し、multi-sample VCFを生成するツール | 1,100円〜 |